為提高行政效率，便於船舶運輸企業或其船舶代理人申請辦理《台灣海峽兩岸間水路運輸許可證》與《台灣海峽兩岸間船舶營運證》，我部決定自2014年1月1日起，實行網上受理行政許可申請。
　　一、網上行政許可的範圍
　　網上行政許可適用於台灣海峽兩岸間海上運輸業務許可。
　　二、申請人資格主體及身份確認
　　為保證申請人網上提交申請材料的真實性、可靠性、安全性，根據有關法律法規的規定，經營兩岸航運的船舶運輸企業應事先申請取得“企業網上電子身份證書”（以下稱“電子密鑰”）。
　　三、網上辦理程式
　　1、申請人事先申請取得“電子密鑰”；
　　2、插入 “電子密鑰” 登陸海峽兩岸航運網上行政許可系統；
　　3、在網上填報申請並將申請材料掃描後即時傳輸,申請材料填報方法如下：
　　按照頁面提示，如實、完整地填寫申請表單；
　　依據附件所列證書名稱一一對應上傳附件；
　　瀏覽無誤後確認、提交。
　　注意事項：
　　加蓋印章、簽名的及各種相關證書類的文件，申請人應當提交原件的電子掃描文檔；
　　兩頁以上的文件合併為一個文件上傳（比如：租船合同，掃描時，應當把這類兩頁以上文件的掃描方式設置為：“將多副圖片存儲成一個文件”）；
　　上傳附件格式必須為WORD、TXT、WPS、PDF或JPG，單個文件大小不超過2MB；
　　所有材料需清晰、真實、有效。
　　4、有關交通運輸主管部門依據《台灣海峽兩岸間航運管理辦法》（原交通部令1996年第6號）等有關規定進行審核、審批。網上許可事項的受理、審查、辦結等情況在網上予以公佈；
　　5、申請人在網上自行列印《台灣海峽兩岸間水路運輸許可證》與《台灣海峽兩岸間船舶營運證》，並提交海事部門查驗。
　　6、獲准許可的航運公司和船舶名單在交通運輸部網站公佈，供有關管理部門和企業查詢、驗證。
　　四、注意事項
　　申請人在使用網上行政許可系統前應認真閱讀本相關事項，並保證申請材料的真實、齊全、有效；發現有虛假內容的，將按有關規定嚴肅處理。使用過程中如有疑問，請通過下列電話諮詢：（010）65293233 （水運局）