1.負責組織擬訂公路、水路行業財務、會計、內部審計、國有資本金、部管專項資金、交通規費等財務管理規章制度並監督實施,指導公路、水路行業的財務、會計、內部審計和國有資産管理工作。
2.負責組織擬訂公路、水路行業有關投融資政策,參與鐵路投融資體制改革和有關政策擬訂工作。
3.負責提出促進公路、水路行業發展有關財稅政策建議。
4.負責中央投入公路、水路基礎設施和部機關及直屬單位國有資産的監督管理工作;負責收費公路權益轉讓管理工作。
5.負責部門預算的組織編報、執行和管理工作;負責部機關及直屬單位政府採購管理和監督工作。
6.負責部門預算資金收支的會計核算、決算編審和管理工作。
7.負責公路、水路國家重點基本建設項目的績效監督和管理工作。
8.負責部機關及直屬單位的內部審計工作;組織實施部投資建設項目和部管專項資金徵收、使用及管理情況的審計或審計調查工作;負責部管幹部的經濟責任審計。
9.負責有關外匯、信貸等財務管理工作。
10.承辦部領導交辦的其他工作。