交通運輸部于2017年5月23日發佈了《交通運輸部關於廢止2件交通運輸規章的決定》(交通運輸部令2017年22號),廢止《交通建設項目環境保護管理辦法》(交通部令2003年第5號),自發佈之日起施行。廢止《交通建設項目環境保護管理辦法》後,交通運輸建設項目環境保護工作依據國務院2017年修訂的《建設項目環境保護管理條例》相關規定進行管理。作為《交通建設項目環境保護管理辦法》核心內容之一的交通建設項目環境影響評價行業預審工作,依據2016年修訂的《環境影響評價法》予以取消。